Prolonge sur la côte ouest de la Sicile, dans la municipalité de Marsala, dans le bras de mer entre le cap San Teodoro et la tête Boeo ou Lilibeo, y compris les quatre îles de San Pantaleo (Mozia), Great Island, Schola et Santa Maria et les marais salants côtière de San Teodoro, Genna et Ettore Infersa. La réserve comprend le "Stagnone" (d'où le nom) d'un lagon, le plus grand de la Sicile, caractérisé par des eaux peu profondes. Dans la réserve il est inclus une solution saline Ettore, la solution saline Genna, Infersa le sel et le sel de S. Teodoro.